Die romanische Stiftskirche zeichnet sich durch eine dezente aber dennoch bedeutende Ornamentik aus. Oberhalb des Mittelschiffs verläuft ein Würfel- oder Schachbrettfries. Dieses Muster ist in der Romanik weit verbreitet. Der gleichmäßige Schmuck in halber Raumhöhe trägt zum ruhigen Gesamteindruck des Raumes bei und wird auch in den Kapitellen einiger Säulen fortgesetzt.
Auffälliger ist der Schmuck der Säulen und Pfeiler. Die Stiftskirche wird durch den Wechsel von zwei Säulen (rund) und einem Pfeiler (quadratisch) gegliedert. Das Verhältnis 1:2:1 zieht sich durch die ganze Kirche Dieser Abstand wird auch als niedersächsischer Stützenwechsel bezeichnet. Der Schmuck am Kopf (Kapitell) der Säulen ist nicht zufällig. Von Westen nach Osten (von hinten nach vorne) sind die Säulen immer aufwändiger geschmückt. Das trägt dazu bei, dass der wandernde Blick des Kirchenbesuchers nach vorne, Richtung Altar und Kreuz gelenkt wird. Der Kirchenbau trägt so zur Verkündigung der christlichen Botschaft bei.

Die hinteren beiden Säulen tragen einfache Symbole, die an den Jerusalemer Tempel erinnern sollen. Links ein stilisierter siebenarmiger Leuchter (Menorah), rechts das Symbol der Lilie. Die Lilien am Eingang symbolisieren den alten Tempel in Jerusalem, vor dem die Säulen „Jachin“ und „Boas“ standen, deren Köpfe ebenfalls mit Lilien geschmückt waren (1. Könige 7, 13-21). Die Erbauer der Stiftskirche zeigen: Am Tempel beginnt der Weg zur neuen Gottesoffenbarung in Christus. Die Ornamente zeugen von der bleibenden Verbindung zur Religion Jesu.

Die Verzierungen der vordersten Säulen erinnern an Palmenblätter. Nach biblischem Zeugnis wurde Jesus beim Einzug nach Jerusalem der Weg mit Palmblättern geschmückt. Auf dem Pfeiler vorne links, an den auch die Kanzel (aus dem 19. Jhd.) angelehnt ist, ist ein Hahn zu erkennen. Zwischen dem Einzug nach Jerusalem und dem Tod am Kreuz haben Jesus auch seine Jünger verlassen. Selbst Petrus, dem der erste Kirchenbau in Wunstorf gewidmet war, hat dreimal geleugnet, zu Jesus zu gehören (Matthäus 26, 34.69-75).
Die überstehenden Steinkanten am Kopf der Säulen trugen während des Bauens ein Holzgestell, auf dem die Gewölbe­bögen zusammengefügt wurden.
Auch die Außenwand der Chorapsis ist mit einem Fries verziert. Das Fries zeigt eine wohl unsortierte Sammlung sächsischer Motive. Der Löwe auf dem Außenfries greift eine Verheißung des Propheten Jesaja (Jes. 11, 7) auf. Dort wird das Friedensreich Gottes mit der Vision vom Ende der Gewalt zwischen Menschen und Tieren („Löwen werden Heu fressen“) vorhergesagt.