Lesebergs Nachfolger Ludolph Heise tritt zwar seinen Dienst als Generalsuperintendent noch in Wunstorf an, aber bereits nach drei Jahren wird das Konsistorium in Hannover gegründet und somit der Sitz des Generalsuperintendenten mit dieser neuen Dienststelle verbunden. Dem Namen nach bleibt Heise Generalsuperintendent, aber die eigentlichen Verfügungen werden von Hannover aus getroffen. Heise ist am 3. November 1585 in Kl. Flöhte als Sohn des dortigen Pastors Ludolph Heise geboren. Sein Vater starb bereits als Ludolph Heise jun. erst 6 Jahre alt war, am 13 März 1591 in Kl. Flöhte. Wo Heise jun. seine Ausbildung erhalten hat, wissen wir nicht. Nach Abschluss seiner Studien wurde er Rektor an der Schule in Alfeld. In den Jahren 1613-1616 war er Pastor diac. in Springe. Nach dieser Zeit wurde ihm die Pfarre Wallensen, auch nur für zwei Jahre anvertraut. Ab 1620 tritt uns Heise als Superintendent in Gr. Freden entgegen. Am 17. Oktober 1633 wurde er zum Generalsuperintendenten in Wunstorf ernannt. Die Bedeutung Wunstorfs als Sitz der Generalsperintendentur nahm aber ab und so wirkte Heise dann mehr als Superintendent von Wunstorf. Am 20. Mai 1650 ist er im Alter von nicht ganz 65 Jahren gestorben. Jetzt folgt eine Zeit, in der die Entscheidungen in geistlichen Angelegenheiten von Hannover aus gefällt werden. Die Generalsuperintendentur in Wunstorf wurde nach Hannover ins Konsistorium verlegt. Von 1650, oder richtiger ab 1636, gibt es in Wunstorf keine Generalsuperintendentur mehr. Erst 1695 wurde diese Dienststelle wieder nach Wunstorf gelegt. Der Abt Malanus zu Loccum, der zugleich Generalsuperintendent in Hannover war, machte den Vorschlag, Wunstorf wieder als Sitz der Generalsuperintendentur einzurichten. Er empfahl, sie dem ''dasigen Speciali und Stiftssenior Dr. Polycarb Lysero, der ein sehr gelehrter Mann ist, ohne Gage zu confriren''. Warum diese Verlegung vorgenommen wurde, bleibt unklar. Waren es persönliche Gründe, oder wollte Molan mehr damit erreichen?